Aunque las primeras noticias de vida del Monasterio se remontan al año 1011, cuando el conde castellano Sancho García entrega el cenobio a unos monjes y a unas monjas, entre las que se encontraba su hija Tigridia (más tarde abadesa), fue Sancho III el Mayor, rey de Pamplona y conde consorte de Castilla, quien entregó escritura de donación del monasterio oniense a los monjes cluniacenses. Corría el año 1033.
Los monjes cluniacenses pertenecían a una de las tantas reformas medievales que sufrió la Orden Benedictina, fundada por San Benito de Nursia en el año 529 en su primer monasterio italiano de Montecasino. Debido al paso de los siglos la orden de San Benito, los benedictinos, adolecía de reformas que la adaptaran a las nuevas circunstancias de oración y vida comunitaria. Una de estas reformas, muy sobresaliente, fue la llevada a cabo por San Odón hacia el siglo X en la abadía francesa de Cluny, de ahí el apelativo de “cluniacense”.
A pesar de que la orden siempre siguió a pies juntillas la regla de su fundador “ora et labora”, es decir: reza y trabaja, la reforma emprendida desde Cluny adquirió gran desarrollo político y económico, estando casi todos los monasterios de la Cristiandad bajo la órbita y el influjo cluniacense, como fue el caso de San Salvador de Oña. A su vez, el monasterio de Oña recibió un fuerte impulso cultural que lo situó a la cabeza de todos los monasterios de su comarca, como centro de referencia.
La reforma cluniacense, muy allegada al poder temporal propio del Feudalismo, formó notables teólogos de los cuales algunos llegaron a ocupar el solio pontificio, como fue el caso del beato Urbano II o San Gregorio VII, el más relevante por reformar el clero romano y enfrentarse al Emperador Enrique IV en la conocida como “Querella de las Investiduras”, cuyo objetivo fue delimitar la injerencia política en los asuntos propiamente religiosos.
Sin embargo, hacia mediados del siglo XI, la excesiva influencia de Cluny acabó con las virtudes propias de una orden monástica decayendo considerablemente. Entonces, fue san Bernardo de Claraval quien acometió una nueva reforma de la Orden Benedictina que había iniciado años antes san Roberto de Molesmes, conocida como reforma “cisterciense” por haber sido impulsada desde la abadía francesa de Citeaux. Fueron conocidos como “los monjes blancos del Císter” en contraposición a “los monjes negros de Cluny”, en referencia al color de su hábito.
Está documentado que, durante el siglo XVI, el benedictino fray Ponce de León instituyó en el Monasterio de Oña la primera escuela para sordomudos de la que se tiene constancia.
Los monjes benedictinos no abandonarían el Monasterio de San Salvador de Oña hasta bien entrado el siglo XIX, obligados por las turbulencias políticas de la Invasión Francesa y las posteriores reformas de los gobiernos liberales decimonónicos, como fueron las exclaustraciones o las desamortizaciones que afectaron a buena parte de las propiedades del clero regular español.